La apremiante situación de las Guerras Clónicas evidenciaba que los Caballeros Jedi no eran suficientes para cubrir todas las jerarquías en la cadena de mando. Es por eso que fue necesaria la formación de un tipo especial de soldados, los Comandantes Clones. Estos eran tropas clones criadas en Kamino con el fin de disponer de oficiales capaces de asistir a los Generales Jedi a dirigir a las fuerzas del Gran Ejército de la República.
Recibían entrenamiento rápido para cumplir los roles avanzados de liderazgo y eran criados con una capacidad mayor de autonomía e iniciativa, pensamiento táctico y coordinación. Comunmente, eran asignados para dirigir desde centros de comando, pero también conducían a sus tropas en el campo de batalla.
Eran entrenados por tropas ARC como Alfa-17, quien regresó a Kamino para transmitir sus destrezas y sus experiencias junto con los Jedi para hacer a los comandantes más independientes. Una vez completado el régimen, el Comandante Clon recibía un nombre propio.
Su personalidad también era más marcada y definida, producto de su pensamiento y su contacto con los Generales Jedi. Para denotar su rango, usaban aditamentos en su armadura como el kama, la prenda de hombro, o periféricos como macrobinoculares, etc.
Sin embargo, tenían el mismo adoctrinamiento de sus demás hermanos clones, con disciplina y obediencia sólidas a sus mayores superiores, y lealtad inquebrantable a la República Galáctica, pero sobre todo a la figura del Canciller Supremo. Esto respondía al plan de Palpatine para centralizar el poder político y el mando de las fuerzas clones para llevar a cabo el golpe devastador para la Orden Jedi con el dictado de la Orden 66, que implicaba la ejecución inmediata de todos los Jedi, quienes pasaban a ser declarados traidores de la República.
La gran confianza que formaron los Jedi haría completamente inesperada la eventual traición de sus subalternos, la cual los cogió por sorpresa. No había un elemento subjetivo ni resentimiento, sino cumplimiento de sus órdenes. La compañía constante de los Jedi con sus Comandantes Clones hacía que estuvieran cerca para el momento en que se emitió la Orden.
